El queso de kéfir se elabora utilizando un cultivo de levadura y bacterias llamado kéfir, en lugar de un ácido o cuajo adicional, para separar la leche en cuajada y suero. La cuajada se separa mediante colado en frío o mediante calentamiento utilizando los subproductos ácidos del cultivo de kéfir para fraguar la cuajada, seguido de colado. El queso resultante tiene un sabor rico y muy ácido y una textura cremosa y densa, similar al brie. Puede que quede o no un cultivo vivo en el queso después de la fabricación, según el proceso específico.